No dia 21 de dezembro de 2006, a pastora Cledes Markus foi instalada no novo campo de atividade ministerial, do Conselho de Missão entre Índios da IECLB em São Leopoldo/RS, na função de Assessora em Formação. A instalação foi realizada durante a Assembléia do COMIN, num culto celebrativo. O pastor Sinodal Enos Heidemann do Vale dos Sinos presidiu o ato de instalação com a colaboração da catequista e presidente do COMIN Marta Nörnberg. e pelos pastores Arteno Spellmeier, e Rui Bernhard. Os assistentes foram a pastora Jandira Keppi e o conselheiro Evaldino Keller.
Pastora Cledes atuou durante quase vinte anos, de 1988 à 2006, no Projeto Missão junto aos Povos Indígenas em Santa Catarina, com os povos Xokleng, Guarani, Kaingang e Cafuzos do Alto Vale do Itajaí/SC. A partir de Janeiro de 2007 passa a exercer seu ministério no Projeto de Formação, Diálogo Intercultural e Diálogo Inter-religioso, junto à Secretaria Executiva do COMIN.
O objetivo do projeto é contribuir para melhorar as condições de diálogo entre indígenas e não indígenas na sociedade em geral e especialmente nas comunidades da IECLB pela formação, bem como fomentar o diálogo intercultural e inter-religioso.
Entre as áreas de atuação previstas constam atividades integradas à EST, nas universidades e em escolas da rede pública e Rede Sinodal, salientando o viés étnico cultural na formação, a articulação de espaços de interesses e sensibilização de docentes e discentes pela causa indígena.